Die Sammelgebiete der Bibliothek umfassen geistes- und sozialwissenschaftliche Literatur aus und über Ost- und Südosteuropa. Dabei liegt der Schwerpunkt in Abstimmung auf die Forschungstätigkeit des Instituts auf Geschichte, Wirtschaft, Politik, Gesellschaft und Kultur aller Länder und Regionen des östlichen Europa.

Insgesamt zählen 300.000 Medieneinheiten zum Bestand der Bibliotheken. Darunter befinden sich neben etwa 800 laufenden Zeitschriften auch 8.300 Karten.

Zu den herausragenden Sammlungen zählen neben den Periodika und Karten vor allem Statistiken, historische Zeitungen und Zeitschriften, Gesetzessammlungen, Schulprogramme sowie Literatur zu Migration, Integration und Minderheiten im östlichen Europa. Ziel ist es, diese Sonderbestände sukzessive durch Digitalisierung der Forschung online bereitzustellen.

Im Bestand der Bibliothek befinden sich die Nachlässe der Historiker und Gelehrten Erik Amburger (1907-2001), Irene Grüning (1900-1955), Gerasimos Kaklamanis (1940-2003), Hans Koch (1894-1959), Carl Patsch (1865-1945), Franz von Scheiger (1891-1960) und Fritz Valjavec (1909-1960).

Darüber hinaus zählen die russische Gesetzessammlung „Polnoe Sobranie Zakonov Rossijskoj Imperii“ und eine umfangreiche Sammlung sowjetischer Plakate zu den Raritäten. Eine weitere Spezialsammlung der nicht magazinierfähigen Separata setzt sich aus knapp 10 000 Sonderdrucken, Klein- und Kleinstformaten u. ä. zusammen.