Das IOS gliedert sich in drei Arbeitsbereiche - Ökonomie, Geschichte, Bibliothek und elektronische Infrastrukturen - sowie Verwaltung und Direktorium. Die Forschung ist in drei interdisziplinären Forschungsschwerpunkten organisiert. Es wird von der Stiftung zur Erforschung von Ost- und Südosteuropa, einer Stiftung des öffentlichen Rechts, betrieben. Organe der Stiftung sind: der Stiftungsrat, der Stiftungsvorstand (Direktorium) und der Wissenschaftliche Beirat. Die Grundfinanzierung erfolgt durch den Freistaat Bayern, vertreten durch das Bayerisches Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst sowie den Bund, vertreten durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung; daneben werden Drittmittel für Forschungsprojekte und für die Schaffung von Forschungsinfrastrukturen eingeworben.